2242년, 기하급수적으로 늘어난 인구로 인해 더 이상 지구에서의 생존이 불가능하다 판단한 인류는 제2의 지구로 이주를 진행한다. 마지막 선별 인원들을 태운 헤라클레스 호가 출발하고 우주 항해 도중 선원들이 하나둘씩 사라지면서, 모두가 혼란에 빠진다. 이에 사건을 조사하던 ‘클레이’(브루스 윌리스)와 동료들은 우주선에 ‘다른 존재’가 있다는 사실과 함께, 인류의 멸망을 불러올 충격적인 비밀을 알게 되는데...